Dukka B. Kc

TitleAssistant Professor

DepartmentComputational Science and Engineering

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OfficeFort IRC
Room: 305

1601 East Market Street
Greensboro, NC 27411

Dukka B. Kc

Education

Ph D: Bioinformatics, Kyoto University, 2006

Other: Bioinformatics, Kyoto University, 2003

Other: Computer Science, Kyoto University, 2001


Research Interests

Bioinformatics, Big Data


Recent Publications

Amini, H.  Wang, Lijun  Shahbazi, Abolghasem  Hashemisohi, A.  Bikdash, Marwan  Kc, Dukka  Yuan, W.  (2018).  An integrated growth kinetics and computational fluid dynamics model for the analysis of algal productivity in open raceway ponds.  (145,  pp. 363-372).  Computer and Electronics in Agriculture.

White, Catherine  Ismail, H  Saigo, H  Kc, Dukka  (2017).  CNN-BLPred: a Convolutional neural network based predictor for β-Lactamases (BL) and their classes..  (Suppl 16,  18,  pp. 577).  BMC bioinformatics.

Kc, Dukka  (2017).  Recent advances in sequence-based protein structure prediction..  (6,  18,  pp. 1021-1032).  Briefings in bioinformatics.

Ismail, Hamid   Hiroto, Saigo   Kc, Dukka  (2017).  RF-NR: Improved classification of Nuclear Receptor proteins using Random Forest.   IEEE/ACM Transaction on Bioinformatics and Computational Biology.

Chapman, Samuel  Adami, Chris  Wilke, Claus  Kc, Dukka  (2017).  The evolution of logic circuits for the purpose of protein contact map prediction .  (5:e3139,  ).  PeerJ.

Amini, Hossein  Hashemisohi, Abolhasan  Wang, Lijun  Shahbazi, Abolghasem  Bikdash, Marwan  Kc, Dukka  Yuan, Wenqiao  (2016).  Numerical and experimental investigation of hydrodynamics and light transfer in open raceway ponds at various algal cell concentrations and medium depths.  (156,  pp. 11-23).  Chemical Engineering Science.

Jiang, Y  Oron, T  Clark, W  Bankapur, A  D'Andrea, D  Lepore, R  Funk, C  Kahanda, I  Verspoor, K  Ben-Hur, A  da Koo, C  Penfold-Brown, D  Shasha, D  Youngs, N  Bonneau, R  Lin, A  Sahraeian, S  Martelli, P  Profiti, G  Casadio, R  Cao, R  Zhong, Z  Cheng, J  Altenhoff, A  Skunca, N  Dessimoz, C  Dogan, T  Hakala, K  Kaewphan, S  Mehryary, F  Salakoski, T  Ginter, F  Fang, H  Smithers, B  Oates, M  Gough, J  Törönen, P  Koskinen, P  Holm, L  Chen, C  Hsu, W  Bryson, K  Cozzetto, D  Minneci, F  Jones, D  Chapman, Samuel  Bkc, D  Khan, I  Kihara, D  Ofer, D  Rappoport, N  Stern, A  Cibrian-Uhalte, E  Denny, P  Foulger, R  Hieta, R  Legge, D  Lovering, R  Magrane, M  Melidoni, A  Mutowo-Meullenet, P  Pichler, K  Shypitsyna, A  Li , B  Zakeri, P  ElShal, S  Tranchevent, L  Das, S  Dawson, N  Lee, D  Lees, J  Sillitoe, I  Bhat, P  Nepusz, T  Romero, A  Sasidharan, R  Yang, H  Paccanaro, A  Gillis, J  Sedeño-Cortés, A  Pavlidis, P  Feng, S  Cejuela, J  Goldberg, T  Hamp, T  Richter, L  Salamov, A  Gabaldon, T  Marcet-Houben, M  Supek, F  Gong, Q  Ning, W  Zhou, Y  Tian, W  Falda, M  Fontana, P  Lavezzo, E  Toppo, S  Ferrari, C  Giollo, M  Piovesan, D  Tosatto, S  Del Pozo, A  Fernández, J  Maietta, P  Valencia, A  Tress, M  Benso, A  Di Carlo, S  Politano, G  Savino, A  Rehman, H  Re, M  Mesiti, M  Valentini, G  Bargsten, J  van Dijk, A  Gemovic, B  Glisic, S  Perovic, V  Veljkovic, V  Veljkovic, N  Almeida-E-Silva, D  Vencio, R  Sharan, M  Vogel, J  Kansakar, L  Zhang, S  Vucetic, S  Wang, Z  Sternberg, M  Wass, M  Huntley, R  Martin, M  O'Donovan, C  Robinson, P  Moreau, Y  Tramontano, A  Babbitt, P  Brenner, S  Linial, M  Orengo, C  Rost, B  Greene, C  Mooney, S  Friedberg, I  Radivojac, P  (2016).  An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy..  (1,  17,  pp. 184).  Genome biology.

Ismail, H  Newman, Robert  Kc, Dukka  (2016).  RF-Hydroxysite: a random forest based predictor for hydroxylation sites..  (8,  12,  pp. 2427-35).  Molecular bioSystems.

Jha, Ashwani  Flurchick, Kenneth  Bikdash, Marwan  Kc, Dukka  (2016).  Parallel-SymD: A Parallel Approach to Detect Internal Symmetry in Protein Domains.  (2016,  pp. 1-9).  BioMed Research International.